ביצועים של ארבע מבחני הגברה של חומצות גרעין לזיהוי SARS-COV-2 באתיופיה

תודה שביקרת ב- Nature.com. אתה משתמש בגרסת דפדפן עם תמיכה מוגבלת של CSS. לקבלת החוויה הטובה ביותר, אנו ממליצים להשתמש בדפדפן מעודכן (או להשבית את מצב התאימות ב- Internet Explorer). בנוסף, כדי להבטיח תמיכה שוטפת, אנו מציגים את האתר ללא סגנונות ו- JavaScript.
מציג קרוסלה של שלוש שקופיות בבת אחת. השתמש בלחצנים הקודמים והבאים כדי לעבור בשלוש שקופיות בכל פעם, או השתמש בלחצני המחוון בקצה כדי לעבור בשלוש שקופיות בכל פעם.
מאז התפרצות מחלת Coronavirus לשנת 2019 (COVID-19), פותחו בדיקות הגברה של חומצות גרעין מסחריות רבות (NAATS) ברחבי העולם והפכו למבחנים סטנדרטיים. אף על פי שבדיקות מספר בדיקות פותחו במהירות והוחלו על בדיקות אבחון במעבדה, ביצועי הבדיקות הללו לא הוערכו במגוון הגדרות. לפיכך, מחקר זה נועד להעריך את הביצועים של מבחני Abbott SARS-COV-2, DAAN GENE, BGI ו- SANSURE BIOTECH באמצעות תקן ההתייחסות המורכב (CRS). המחקר נערך במכון לבריאות הציבור באתיופי (EPHI) בין 1 עד 30 בדצמבר 2020. 164 דגימות האף הוצאו באמצעות ערכת ה- RNA Mini של Qiaamp ומערכת ההכנה לדגימה של DNA של Abbott. מתוך 164 דגימות, 59.1% היו חיוביים ו -40.9% היו שליליים עבור CRS. חיוביות ביוטק של Sansure הייתה נמוכה משמעותית בהשוואה ל- CRS (P <0.05). חיוביות ביוטק של Sansure הייתה נמוכה משמעותית בהשוואה ל- CRS (P <0.05). Положителные резааы Sansure Biotech ыи значително ниже по сравнению crs (p <0,05). התוצאות החיוביות של Sansure Biotech היו נמוכות משמעותית בהשוואה ל- CRS (P <0.05).与 CRS 相比 ， SANSURE BIOTECH 的阳性率显着较低 （P <0.05）。与 CRS 相比 ， SANSURE BIOTECH 的阳性率显着较低 （P <0.05）。 Sansure Biotech ыо значително меннше положителных рз латов п с с з зl з р п cr cr in crs р рf (p <0,05). ל- Sansure Biotech היו פחות תוצאות חיוביות באופן משמעותי בהשוואה ל- CRS (P <0.05).ההסכם הכולל של ארבעת הניתוחים היה 96.3–100% בהשוואה ל- CRS. בנוסף לשיעור החיוביות הנמוך של בדיקת הביוטק של Sansure, הביצועים של ארבע המבחנים היו כמעט דומים. כיוון שכך, בדיקת ה- Sansure Biotech [המחקר בלבד (RUO)] דורשת אימות נוסף לשימושו באתיופיה. לבסוף, יש לשקול מחקר נוסף כדי להעריך מבחנים בטענות היצרן המתאימות.
בדיקות מעבדה הן חלק מתוכנית אסטרטגית של ארגון הבריאות העולמי (WHO) למחלות Coronavirus 2019 (COVID-19) מוכנות ותגובה (SPRP). מי ממליץ כי מדינות צריכות לבנות יכולת מעבדה כדי לשפר את המוכנות, ניהול תיקים נכון, ערנות ותגובה מהירה לאתגרים לבריאות הציבור. זה מצביע על כך שתפקידה של המעבדה הוא המפתח לאפיון המחלה והאפידמיולוגיה של חומרים זיהומיים מתעוררים ושליטה על התפשטותם.
האבחנה של COVID-19 דורשת מידע אפידמיולוגי ורפואי, תסמינים/סימנים אישיים ונתונים רדיוגרפיים ומעבדה 2. מאז דווח על התפרצות COVID-19 בווהאן, סין, פותחו בדיקות הגברה של חומצות גרעין מסחריות רבות (NAATS) ברחבי העולם. תגובת שרשרת פולימראז הפוך בזמן אמת (RRT-PCR) שימשה כשיטה שגרתית וסטנדרטית לאבחון מעבדה של זיהום חמור בתסמונת נשימה חריפה 2 (SARS-COV-2) 3. גילוי מולקולרי של SARS-COV-2 מבוסס בדרך כלל על ה- N (גן חלבון נוקלאוקאפסיד), E (גן חלבון מעטפה) ו- RDRP (גנים פולימראז RNA תלוי RNA) ב- ORF1A/B (מסגרת קריאה פתוחה 1A/B) ו גן) אזור שזוהה מהגנום הנגיפי. הם נחשבים לאזורים השמורים העיקריים שנמצאים בגנום נגיפי לזיהוי וירוסים 4. בין הגנים הללו, לגנים RDRP ו- E יש רגישות לגילוי אנליטי גבוה, ואילו לגן N יש רגישות אנליטית נמוכה 5.
הביצועים של מבחני PCR עשויים להשתנות בהתאם לגורמים שונים כמו: ריגנטים מיצוי, ריאגנטים להגברה/גילוי, שיטת מיצוי, איכות מכונת PCR ומכשירים אחרים. נכון לאפריל 2020, יותר מ- 48 מכשירי אבחון שונים מתשע מדינות קיבלו אישור לשימוש חירום (EUA) לאבחון COVID-196. באתיופיה, יותר מ- 14 פלטפורמות PCR בזמן אמת משמשות לגילוי PCR של SARS-COV-2 ב -26 מוסדות לבריאות הציבור, כולל ABI 7500, Abbott M2000, Roche 48000 ו- Quant-Studio7. בנוסף, קיימות ערכות בדיקות PCR שונות, כגון בדיקת DAAN GENE, מבחן ABBOTT SARS-COV-2, בדיקת ביוטק SANSURE ומבחן SARS-COV-2 BGI. למרות ש- RRT-PCR רגיש מאוד, חלק מהמטופלים עם COVID-19 מדווחים על תוצאות שליליות כוזבות כתוצאה מעותקים לא מספיקים של חומצה ריבונוקלאית נגיפית (RNA) בדגימות כתוצאה מאיסוף לא תקין, הובלה, אחסון וטיפול ובדיקת מעבדה. תנאים ופעולות של כוח אדם 8. בנוסף, תקלות לדוגמה או בקרה, הגדרת סף מחזור (CT) ותגובה צולבת עם חומצות גרעין פתוגניות אחרות או RNA SARS-COV-2 לא פעילות/שיורית יכולים להוביל לתוצאות חיוביות כוזבות במבחני RRT-PCR9. לפיכך, ברור שבדיקות PCR אכן יכולות לזהות נשאים של שברי גנים, מכיוון שהם אפילו לא יכולים להבחין בין גנים ויראליים פעילים באמת, ולכן הבדיקות יכולות לזהות רק נשאים ולא חולים 10. לכן, חשוב להעריך את ביצועי האבחון בשיטות סטנדרטיות בהגדרתנו. אף על פי שרבים מגיבים רבים ב- NAAT זמינים במכון לאתיופיה לבריאות הציבור (EPHI) ובכל רחבי הארץ, טרם דווח על הערכה השוואתית של יעילותם. לפיכך, מחקר זה נועד להעריך את הביצועים ההשוואתיים של ערכות זמינות מסחרית לגילוי SARS-COV-2 על ידי RRT-PCR באמצעות דגימות קליניות.
במחקר זה נכללו 164 משתתפים עם חשד ל- COVID-19. מרבית הדגימות היו ממרכזי טיפול (118/164 = 72%), ואילו 46 המשתתפים הנותרים (28%) היו ממרכזי שאינם טיפול. בקרב המשתתפים שלא טופלו במרכז, 15 (9.1%) היו חשדו בקלינית מקרים ו -31 (18.9%) היו קשרים במקרים מאושרים. תשעים ושלוש (56.7%) המשתתפים היו גברים, וגיל הממוצע (± SD) של המשתתפים היה 31.10 (± 11.82) שנים.
במחקר זה נקבעו שיעורים חיוביים ושליליים של ארבעה בדיקות ל- COVID-19. לפיכך, השיעורים החיוביים של Abbott SARS-COV-2, מבחני DAAN GENE 2019-NCOV, Assay SARS-COV-2 BGI ו- Sansure Biotech 2019-NCOV היו 59.1%, 58.5%, 57.9% ו- 55.5% בהתאמה ו ציוני ההתייחסות המורכבים החיוביים והשליליים (CRS) היו 97 (59.1%) ו- 67 (40.9%), בהתאמה (טבלה 1). במחקר זה, ההגדרה של CRS התבססה על הכלל "כל חיובי", לפיו מתוך ארבע תוצאות הבדיקה, שתי תוצאות בדיקה או יותר שהעניקו את אותה תוצאה נחשבו לחיוביות או שליליות אמיתיות.
במחקר זה מצאנו הסכם אחוז שלילי (NPA) של 100% (95% CI 94.6–100) עבור כל הניתוחים בהשוואה ל- CRS. ניתוח הביוטכנולוגיה של Sansure הראה PPA מינימלי של 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ולניתוח DAAN Gene 2019-NCOV היה הסכם כולל של 99.4% (95% CI 96.6-99.9). לעומת זאת, ההסכמה הכוללת בין Assay BGI של SARS-COV-2 לבין בדיקת Sansure Biotech 2019-NCOV הייתה 98.8% ו- ​​96.3% בהתאמה (טבלה 2).
מקדם הקאפה של כהן בהסכמה בין CRS לתוצאות Abbott SARS-COV-2 תוצאות היה עקבי לחלוטין (k = 1.00). באופן דומה, ערכי הקאפה של כהן שהתגלו על ידי DAAN Gene 2019-NCOV, SARS-COV-2 BGI ו- Sansure Biotech 2019-NCOV תואמים גם את CRS (K ≥ 0.925). בניתוח השוואתי זה, מבחן הצ'י-ריבוע (מבחן McNemar) הראה כי תוצאות הניתוח של Sansure Biotech 2019-NCOV היו שונות באופן משמעותי מתוצאות ה- CRS (p = 0.031) (טבלה 2).
כפי שמוצג באיור.1 אחוז ערך ה- CT הנמוך ביותר (<20 CT) של Abbott SARS-COV-2 (משולב RDRP ו- N GENE) היה 87.6% ו- ORF1A/B GENE CT של ערך SANSURE BIOTECH 2019-NCOV הראה כי אחוז הנמוך ערך CT (<20 CT) היה 50.3% וערך ה- CT הגבוה (36-40 סמ"ק) היה 3.2%. 1 אחוז ערך ה- CT הנמוך ביותר (<20 CT) של Abbott SARS-COV-2 (משולב RDRP ו- N GENE) היה 87.6% ו- ORF1A/B GENE CT של ערך SANSURE BIOTECH 2019-NCOV הראה כי אחוז הנמוך ערך CT (<20 CT) היה 50.3% וערך ה- CT הגבוה (36-40 סמ"ק) היה 3.2%.כפי שמוצג באיור.1, процент наименшего значения ct (<20 ct) аналала abbott sars-cov-2 (коминиро о г г Orf1a/b анализа Sansure Biotech 2019-Ncov покало чо процент низого значения ct (<20 ct) сосавяо 3,2%. 1, אחוז הניתוח הנמוך ביותר של ערך CT (<20 CT) של Abbott SARS-COV-2 (גן RDRP משולב ו- N) היה 87.6%, וערך ה- CT של ניתוח גנים ORF1A/B של SANSURE BIOTECH 2019-NCOV הראה שאחוז ערך ה- CT הנמוך (<20 CT) היווה 50.3%, ו- CT בעל ערך גבוה (36-40 CT) היווה 3.2%.如图 1 所示 ， Abbott SAR值 (<20 CT) 的百分比为 50.3%， 高 CT 值 (36–40 CT) 的百分比为 3.2%。 כפי שמוצג באיור 1, אחוז הערך הנמוך ביותר של CT (<20 CT) של מבחן Abbott SARS-Cov-2 (שילוב של RDRP ו- N גן) הוא 87.6%, ערך הגן ORF1A/B CT של SANSURE BIOTECH 2019-NCOV מבחן מציג CT נמוך 值 (<20 CT) 的 אחוז הוא 50.3%, 高 CT 值 (36–40 סמ"ק) 的 אחוז הוא 3.2%. Как показано на рmи בזה 1, анализ abbott sars-cov-2 (сочающий гены rdrp и) иелелел ннизеец н н н рéеmמא 87,6%, а значение ct гена orf1a/b в иседовании Sansure Biotech 2019- анализ ncov оазал низטע CT. כפי שמוצג באיור 1, במבחן Abbott SARS-Cov-2 (המשלב את הגנים RDRP ו- N) היה ערך ה- CT הנמוך ביותר (<20 CT) על 87.6%, ואילו ערך ה- CT של הגן ORF1A/B ב- SANSURE מחקר Biotech 2019 - הניתוח של NCOV הראה CT נמוך. Процент значений (<20 ct) сосавил 50,3%, а процент ыоких значений ct (36-40 סמ"ק) оавилאו 3,2%. אחוז הערכים (<20 CT) היה 50.3%, ואחוז ערכי ה- CT הגבוהים (36-40 CT) היה 3.2%.מבחן Abbott SARS-COV-2 B רשם ערכי CT מעל 30. לעומת זאת, על גן ה- BGI SARS-COV-2 assay ORF1A/B היה בעל ערך CT גבוה (> 36 CT) היה 4% (איור 1). לעומת זאת, על גן ה- BGI SARS-COV-2 assay ORF1A/B היה בעל ערך CT גבוה (> 36 CT) היה 4% (איור 1). С друой сороны, аnннализе bgi sars-cov-2 ген orf1a/b иел ы ыокоניהם значение ct (> 36 ct), п п к к к; לעומת זאת, בניתוח של BGI SARS-COV-2 Gene ORF1A/B היה ערך CT גבוה (> 36 CT), שאחוזם היה 4% (איור 1).另一方面 t לעומת זאת, בגילוי BGI SARS-COV-2, אחוז הגן ORF1A/B עם ערך CT גבוה (> 36 CT) הוא 4% (איור 1). С друой сороны, анализе bgi sars-cov-2 процент генов orf1a/b с сокими значачויים ct (> 36 ct) соки л 1% (1% (1%). לעומת זאת, בניתוח BGI SARS-COV-2, אחוז הגנים ORF1A/B עם ערכי CT גבוהים (> 36 CT) היה 4% (איור 1).
במחקר זה לקחנו 164 דגימות של Nasopharyngeal. עבור כל סוגי המבחנים, בידוד RNA והגברה בוצעו בשיטות והערכות המומלצות על ידי היצרנים המתאימים.
מחקר זה הדגים כי המבחן של אבוט ל- SARS-COV-2 יש ביצועי גילוי זהים לזה של CRS, עם הקונקורדנציה של 100% חיובית, שלילית וסך הכל. הסכם הקאפה של כהן הוא 1.00, המציין הסכמה מלאה עם CRS. מחקר דומה של אוניברסיטת וושינגטון בארה"ב מצא כי הרגישות והספציפיות הכוללת של מבחן אבוט ל- SARS-COV-2 היו 93% ו 100%, בהתאמה, בהשוואה למבחן שנקבע במעבדה (LDA) של ה- CDC ו 11. מערכת הגילוי של Abbott SARS-COV-2 מבוססת על הגילוי המשולב בו זמנית של הגנים N ו- RDRP, מכיוון ששני הגנים רגישים יותר, ומזער את השליליות השגויות 12. במחקר בווינה, אוסטריה הראה גם כי נפחי מדגם מיצוי גדולים וגילוי נפחים אלוונט צמצמו את השפעות הדילול והגדילו את יעילות הגילוי 13. לפיכך, ההתאמה המושלמת של אבוט למבחן SARS-COV-2 יכולה להיות קשורה למערכת איתור פלטפורמה המגלה בו זמנית גנים קומבינטוריים, מחלץ מספר גדול של דגימות (0.5 מ"ל) ומשתמש בכמות גדולה של ALUENT (40 μL).
התוצאות שלנו הראו גם כי ביצועי הגילוי של הבדיקה הגנטית של DAAN היו כמעט זהים לזה של CRS. זה עולה בקנה אחד עם מחקר 14 שנערך באוניברסיטת אנהוי בהויינן, סין, ותביעת היצרן בהסכם חיובי של 100%. למרות הדיווחים על תוצאות עקביות, מדגם אחד היה שלילי כוזב לאחר שבדק מחדש את אותו Eluate, אך היה חיובי במבחני Abbott SARS-Cov-2 וב- Sansure Biotech NCOV-2019. זה מצביע על כך שיש שונות בתוצאות בין סוגים שונים של מבחנים. עם זאת, במחקר שנערך בסין 15, התוצאה של בדיקת הגן של DAAN הייתה שונה באופן משמעותי (P <0.05) בהשוואה למבחן ההתייחסות המוגדר במעבדה שלהם. עם זאת, במחקר שנערך בסין 15, התוצאה של בדיקת הגן של DAAN הייתה שונה באופן משמעותי (P <0.05) בהשוואה למבחן ההתייחסות המוגדר במעבדה שלהם. Те не меברים, в ииедовании, проведенном кае15, резадат анала daan gene значитליח о о з лабораторного эалонного анализа. עם זאת, במחקר שנערך ב- China15, תוצאת הניתוח של Daan Gene הייתה שונה באופן משמעותי (p <0.05) מניתוח ההתייחסות למעבדה שלהם.然而 t然而 ， 在中国进行的研究中 15 ， 大安基因检测的结果与其实验室定义的参考检测相比有显着差 <0.05 Онако в и седовании, провיִם сравнению с ео эалонны лабораторны тесом. עם זאת, במחקר שנערך ב- China15, תוצאות הבדיקה הגנטית של DAAN היו שונות באופן משמעותי (P <0.05) בהשוואה למבחן מעבדת ההתייחסות שלה.אי התאמה זו עשויה לנבוע מהרגישות של מבחן ההתייחסות לגילוי SARS-COV-2, ומחקרים נוספים עשויים להיות חשובים לקביעת הגורם.
בנוסף, המחקר שלנו העריך את הביצועים ההשוואתיים של Assay SARS-COV-2 BGI עם CRS, והראה הסכם אחוז חיובי מצוין (PPA = 97.9%), הסכם אחוז שלילי (NPA = 100%) והסכם האחוז הכולל לפי מגדר ( OPA). ). = 98.8%). ערכי הקאפה של כהן הראו הסכמה טובה (k = 0.975). מחקרים בהולנד 16 ו- China15 הראו תוצאות עקביות. מבחן ה- SARS-COV-2 BGI הוא מבחן גילוי גן יחיד (ORF1A/B) באמצעות 10 μL הגברה/איתור ELUTE. למרות הסכמה סטטיסטית טובה עם תוצאות ההתייחסות שלנו, הניתוח החמיץ שתי דגימות חיוביות (1.22%) מכלל המדגם. זה יכול להיות בעל השלכות קליניות עצומות על דינמיקת ההולכה ברמות המטופל והקהילה כאחד.
ניתוח השוואתי נוסף שנכלל במחקר זה היה ה- Sansure Biotech NCOV-2019 RRT-PCR (RUO); אחוז ההתאמה הכולל היה 96.3%. חוזק ההסכם נקבע גם על ידי ערך הקאפה של כהן, שהיה 0.925, מה שמצביע על הסכמה מלאה עם ה- CRS. שוב, התוצאות שלנו זהות למחקרים שנערכו באוניברסיטת מרכז דרום בצ'אנגשה, סין, ובמחלקה למעבדה הקלינית בבית החולים העממי ליוז'ו, ליוז'ו סיטי, סין 17. אף על פי שהקונקורדנציה הסטטיסטית הטובה לעיל נרשמה, מבחן הצ'י-ריבוע (מבחן מקנמר) הראה כי התוצאה של בדיקת הביוטק של Sansure הייתה הבדל מובהק סטטיסטית בהשוואה ל- CRS (p <0.005). אף על פי שהקונקורדנציה הסטטיסטית הטובה לעיל נרשמה, מבחן הצ'י-ריבוע (מבחן מקנמר) הראה כי התוצאה של בדיקת הביוטק של Sansure הייתה הבדל מובהק סטטיסטית בהשוואה ל- CRS (p <0.005). Несотря но то, чо ыо зафикировано уазаное ыше хорошеш сатичочדרות сототот'י, ии с сניהם с сототויים с сf с сf с с сf с с сf с с с с с с с, (критерий макнемарар) показал, чо резат анализа sansure biotech имет сатис'י значиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюиюоеדרות ззnоиnееnееnееnеnееnееnееéеדי сзоеדיה са p; 0,005). למרות שההסכם הסטטיסטי הטוב לעיל נרשם, מבחן הצ'י-ריבוע (מבחן מקנמר) הראה כי לתוצאה של בדיקת הביוטק של Sansure הייתה הבדל מובהק סטטיסטית בהשוואה ל- CRS (p <0.005).尽管记录了上述良好的统计一致性 ， 但卡方检验 ≠ macnemar 检验）） ， ， Sansure Biotech 检测的结果与 Crs 相比具有统计学显着差异 （P <0.005）。尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， Sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 ≠ （（p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。。） Å Несоm на оечечннדיר сатисичеси значим разниц (p <0,005) меж у анализом sansure biotech и crs. למרות ההסכם הסטטיסטי הטוב שצוין לעיל, מבחן הצ'י-ריבוע (מבחן מקנמר) הראה הבדל מובהק סטטיסטית (p <0.005) בין מבחן הביוטק של Sansure ל- CRS.שש דגימות (3.66%) נמצאו כשליליות שווא בהשוואה ל- CRS (טבלה משלימה 1); זה חשוב מאוד, במיוחד לאור הדינמיקה של העברת הנגיף. הנתונים לעיל תומכים גם בקצב הגילוי הנמוך הזה 15.
במחקר זה נקבעו ערכי CT עבור כל בדיקה ופלטפורמה בהתאמה, כאשר ערך ה- CT הממוצע הנמוך ביותר שדווח במבחן Abbott SARS-Cov-2. תוצאה זו עשויה להיות קשורה למערכת הבדיקה הגנטית המשולבת בו זמנית של אבוט לגילוי SARS-COV-2. לפיכך, על פי איור 1, 87.6% מתוצאות Abbott SARS-COV-2 היו ערכי CT מתחת ל -20. רק מספר קטן של תוצאות מדגם (12.4%) היו בטווח 20-30. ערכי CT מעל 30 לא נרשמו. בנוסף לשימושו של אבוט במתכונת הבדיקה הגנטית SARS-COV-2, תוצאה זו עשויה להיות קשורה למגבלת הגילוי התחתונה (32.5 עותקי RNA/מ"ל) 18, הנמוכה פי שלושה מהגבול הנמוך של החברה של 100 עותקי RNA /ml. מ.ל.) 19.
למחקר זה יש מגבלות מסוימות: ראשית, אין לנו שיטות סטנדרטיות/התייחסות [כגון עומס ויראלי או בדיקות מעבדה אחרות (LDA)] בגלל חוסר משאבים. שנית, כל הדגימות ששימשו במחקר זה היו ספוגיות Nasopharyngeal, בעוד שהתוצאות לא היו חלות על סוגי דגימות אחרים, ושלישית, גודל המדגם שלנו היה קטן.
מחקר זה השווה את הביצועים של ארבע מבחני RRT-PCR עבור SARS-COV-2 באמצעות דגימות Nasopharyngeal. לכל מבחני הגילוי היו ביצועים כמעט דומים, למעט Assay Biotech Sansure. חוץ מזה, שיעור החיוביות הנמוך זוהה במבחן הביוטק של Sansure בהשוואה ל- CRS (p <0.05). חוץ מזה, שיעור החיוביות הנמוך זוהה במבחן הביוטק של Sansure בהשוואה ל- CRS (p <0.05). Кроме того, весе sansure biotech ы ы ыыен низий процент полителных резата п п р; בנוסף, בדיקת הביוטק של Sansure הראתה אחוז נמוך של תוצאות חיוביות בהשוואה ל- CRS (p <0.05).此外 ， 与 crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。此外 ， 与 crs 相比 ， Sansure Biotech 检测的阳性率较低 (p <0.05)。 Кроме того, анализ sansure biotech иел боле низий уеннь пололелных резатов п рl (0,05). בנוסף, במבחן הביוטק של Sansure היה שיעור חיוביות נמוך יותר בהשוואה ל- CRS (p <0.05).ניתוח Sansure Biotech NCOV-2019 (RUO) של PPA, NPA וההסכם הכולל עלה על 93.5% עם חוזק כהן קאפה של ערך ההסכם של 0.925. לבסוף, Assay Biotech Sansure (RUO) זקוק לאימות נוסף לשימוש באתיופיה, ויש לשקול מחקר נוסף כדי להעריך תביעות מיצרנים בודדים.
תכנון מחקר השוואתי נערך בארבעה מתקני בריאות באדיס אבבה, בית החולים EKA Kotebe, מרכז הטיפול במילניום כנסייה, בית החולים לזכר זוודיטו ובית החולים המתמחה בשחפת סנט פיטר. הנתונים נאספו בין 1 ל -31 בדצמבר 2020. המתקנים הרפואיים למחקר זה נבחרו בכוונה על סמך מספר המקרים הגבוה שלהם ועל זמינותם של מרכזי טיפול גדולים בעיר. באופן דומה, מכשירים, כולל מכשירי PCR בזמן אמת ABI 7500 ו- ABBOTT M2000, נבחרו על פי המלצות יצרני המגיבים של NAAT, וארבע ערכות גילוי PCR נבחרו למחקר זה, מכיוון שרוב המעבדות באתיופיה השתמשו לפחות לפחות ארבעה מהם. מבחן גנים, מבחן Abbott SARS-COV-2, בדיקת ביוטק SANSURE ובדיקת SARS-COV-2 BGI שבוצעו במהלך המחקר).
הבדיקה של SARS-COV-2 בוצעה בין 1 עד 30 בדצמבר 2020 באמצעות 3 מ"ל של מדיום תחבורה נגיפית (VTM) (Miraclean Technology, שנזן, סין) מאנשים שנבדקו על ידי COVID-19 התייחסו ל- EPHI. דגימות Nasopharyngeal נאספו על ידי אספני מדגם מיומנים ונשלחו לאפי בחבילות משולשות. לפני בידוד חומצות גרעין, לכל מדגם מוקצה מספר זיהוי ייחודי. מיצוי מבוצע מכל מדגם מיד עם ההגעה בשיטות מיצוי ידניות ואוטומטיות. לפיכך, עבור המיצוי האוטומטי של Abbott M2000, 1.3 מ"ל (כולל 0.8 מ"ל נפח מת ונפח כניסת מיצוי של 0.5 מ"ל) של הדגימה חולץ מכל מדגם והועבר דרך מערכת ההכנה של דגימת ה- DNA של Abbott (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ארה"ב). ) אצווה של 96 [92 דגימות, שתי בקרות גילוי ושני בקרות לא תבניות (NTC)] נכללה בתהליך הכולל (אחזור וגילוי) של שני סיבובים של SARS-COV-2 (EUA) בזמן אמת. כְּרִיָה. באופן דומה, לצורך מיצוי ידני, השתמש באותן דגימות (למיצוי וגילוי אוטומטי). לפיכך, לאורך כל התהליך, 140 μL דגימות הוחלפו וחולצו באמצעות ערכת המיני RNA Viral Viral Viral (Qiagen GmbH, Hilden, גרמניה) באצוות של 24 (כולל 20 דגימות, שתי פקדי בדיקה ושני NTCs) על פני תשעה סיבובים. מרסנים שחולצו ידנית הוגברו והתגלו באמצעות מחזור תרמי ABI 7500 באמצעות Assay BGI של SARS-Cov-2, Assay Gene Daan ו- Sansure Biotech.
בידוד וטיהור אוטומטי של RNA נגיפי SARS-COV-2 עוקבים אחר עקרון החרוז המגנטי באמצעות ריאגנטים להכנת דגימות DNA של DNA. הפעלה של דגימות ומסיסות של חלקיקים נגיפיים מתבצעת באמצעות חומר ניקוי המכיל איזותיוציאנט גואנידין כדי לשלול את החלבון ולהפעיל RNase. לאחר מכן מופרדים ה- RNA מהחלבון על ידי הפרדת פאזה מוצקה באמצעות סיליקה, כלומר מלח הגואנידיניום וה- pH האלקלי של חיץ התמוגה מקדמים קשירת חומצות הגרעין לסיליקה (SiO2). שלב השטיפה מסיר את שאר החלבונים והפסולת כדי לייצר פיתרון ברור. RNA שקוף מבודד ממיקרו-חלקיקים מבוססי סיליקה באמצעות השדה המגנטי של המכשיר 20,21. מצד שני, בידוד ידני וטיהור RNA מתבצעים בשיטת עמוד הסיבוב באמצעות צנטריפוגה במקום מעמד מגנטי והפרדת מיקרו -חלקיקים מה- Eluent.
מבחן הגילוי SARS-COV-2 של אבוט בזמן אמת (Abbott Molecular, Inc.) בוצע על פי הוראות היצרן, שקיבלו EUA19,22 מ- WHO ו- FDA. בפרוטוקול זה, הפעלת הדגימה לפני ביצוע מיצוי באמבטיית מים בטמפרטורה של 56 מעלות צלזיוס למשך 30 דקות. לאחר הפעלת נגיף, מיצוי חומצות גרעין בוצע על מכשיר Abbott M2000 SP מ- 0.5 מ"ל VTM באמצעות מערכת הכנת דגימת DNA של Abbott M2000. לדברי היצרן. הגברה וגילוי בוצעו באמצעות מכשיר ABBOTT M2000 RT-PCR, וגילוי כפול בוצע עבור הגנים RDRP ו- N. ROX) ו- VIC P (צבע קנייני) למיקוד וגילוי של בקרות פנימיות, ומאפשרים גילוי בו זמנית של שני מוצרי ההגברה 19.
שיטת איתור ההגברה של ערכה זו מבוססת על טכנולוגיית RT-PCR שלב אחד. הגנים ORF1A/B ו- N נבחרו כאזורים שמורים על ידי טכנולוגיית הגנים של DAAN כדי לאתר הגברה באזור היעד. פריימרים ספציפיים ובדיקות פלורסנט (בדיקות גנים N המסומנות ב- FAM, ORF1A/B בדיקות שכותרתו ב- VIC) תוכננו לאיתור RNA של SARS-COV-2 בדגימות. התערובות הסופיות והמאסטר הוכנו על ידי הוספת 5 μl של נבחרת ל 20 μl מתערובת האב לנפח סופי של 25 μl. הגברה וגילוי בוצעו בו זמנית על מכשיר PCR בזמן אמת ABI 750024.
הגנים ORF1A/B ו- N התגלו באמצעות ערכת האבחון של חומצת הגרעין של Sansure Biotech NCOV-2019 (גילוי PCR פלואורסצנטי). הכן בדיקות ספציפיות לכל גן יעד על ידי בחירת ערוץ ה- FAM לאזור ORF1A/B ואת ערוץ ה- ROX לגן N. לערכת assay זו מתווספים ריאגנטים של תערובת Master and Master כדלקמן: הכינו מגיב של 30 μl Master Mix ו- 20 μL מדגם מחוספס לגילוי/הגברה. בזמן אמת PCR ABI 750025 שימש להגברה/גילוי.
מבחן ה- SARS-COV-2 BGI הוא ערכת RRT-PCR פלואורסצנטית בזמן אמת לאבחון COVID-19. אזור היעד ממוקם באזור ORF1A/B של הגנום SARS-COV-2, שהוא שיטת גילוי גנים יחידה. בנוסף, גן משק הבית האנושי β-actin הוא גן יעד מוסדר באופן פנימי. תערובת המאסטר מוכנה על ידי ערבוב של 20 μl של המגיב לתערובת Master ו- 10 μL של דגימת ה- RNA שחולצה בצלחת באר 26. מכשיר PCR כמותי של ABI 7500 כמותי בזמן אמת שימש להגברה וגילוי. כל הגברת חומצות הגרעין, תנאי ההפעלה של PCR לכל בדיקה ופרשנות התוצאות בוצעו על פי הוראות היצרן המתאימות (טבלה 3).
בניתוח השוואתי זה, לא השתמשנו בשיטת תקן ההתייחסות כדי לקבוע את הסכם אחוזים (חיובי, שלילי ובכלל) ופרמטרי השוואה אחרים לארבעת הניתוחים. כל השוואה בין מבחן נעשתה עם CRS, במחקר זה ה- CRS נקבע על ידי הכלל "כל חיובי" והתוצאה נקבעה, ולא בבדיקה אחת, השתמשנו לפחות בשתי תוצאות בדיקה תואמות. בנוסף, במקרה של העברת COVID-19, תוצאות שליליות כוזבות מסוכנות יותר מתוצאות חיוביות כוזבות. לפיכך, כדי לומר "חיובי" בצורה מדויקת ככל האפשר מתוצאה של CRS, לפחות שני בדיקות בדיקות חייבות להיות חיוביות, כלומר לפחות תוצאה חיובית אחת עשויה להגיע מניתוח EUA. לפיכך, מתוך ארבע תוצאות בדיקות, שתי תוצאות בדיקה או יותר שנותנות את אותה התוצאה נחשבות לחיוביות אמיתיות או שליליות 18,27.
הנתונים נאספו באמצעות טפסי מיצוי נתונים מובנים, הזנת נתונים וניתוח בוצעו באמצעות תוכנה סטטיסטית של Excel ו- SPSS גרסה 23.0 לסטטיסטיקה תיאורית. הסכמה חיובית, שלילית וסך הכל נותחה הסכמה, וציון קאפה שימש לקביעת מידת ההסכמה של כל שיטה עם CRS. ערכי קאפה מתפרשים כדלקמן: 0.01 עד 0.20 להסכמה קלה, 0.21 עד 0.40 להסכמה כללית, 0.41-0.60 להסכמה בינונית, 0.61-0.80 להסכמה גדולה ו- 0.81-0.99 עבור הסכם מלא 28.
אישור אתי התקבל מאוניברסיטת אדיס אבבה וכל הפרוטוקולים הניסויים למחקר זה אושרו על ידי מועצת סקירת האתיקה המדעית של מכון הבריאות הציבורי באתיופיה. מספר ההתייחסות לרישיון האתיקה של EPHI הוא EPHI/IRB-279-2020. כל השיטות יושמו בהתאם להמלצות והוראות ההנחיות המקיפות הלאומיות של אתיופיה לטיפול ב- COVID-19. בנוסף, הסכמה מדעת בכתב התקבלה מכל משתתפי המחקר לפני ההשתתפות במחקר.
כל הנתונים שהושגו או מנותחים במחקר זה נכללים במאמר שפורסם זה. נתונים התומכים בתוצאות מחקר זה זמינים מהמחבר המתאים לפי בקשה סבירה.
ארגון הבריאות העולמי. המלצות לאסטרטגיות לבדיקת מעבדה ל- COVID-19: הנחיות ביניים, 21 במרץ, 2020 מס 'WHO/2019-NCOV/LAB_TESTING/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 אבחון חכם במחלקת החירום: All-in בפועל. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, Ki Covid-19 אבחון חכם במחלקת החירום: All-in בפועל.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ו- Gurgulianis, Ki אבחנה אינטליגנטית של Covid-19 במחלקת החירום: הכל בפועל.Muliou DS, Pantazopoulos I. ו- Gurgulyanis Ki אבחנה אינטליגנטית של COVID-19 במחלקות חירום: שילוב מקצה לקצה בפועל. המומחה הכומר נשימה. תרופה. 3, 263–272 (2022).
מיטשל, SL & St George, K. הערכת ה- Covid19 Id Now Eua. מיטשל, SL & St George, K. הערכת ה- Covid19 Id Now Eua.מיטשל, SL וסנט ג'ורג ', ק. הערכת ה- COVID19 ID ID Now EUA.מיטשל SL ​​וסנט ג'ורג 'ק. ג. קליני. נגיף. 128, 104429. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
WHO. איתור מעבדה של מחלת Coronavirus 2019 (COVID-19) בחשד למחלות אנושיות. https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (גישה 15 באוגוסט 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al. אבחון COVID-19: מחלות וכלי בדיקה. ACS Nano 14 (4), 3822–3835 (2020).
Syed S. et al. הקמת המכללה לפתולוגים של מזרח, מרכז ודרום אפריקה - בית הספר האזורי לפתולוגיה של המזרח התיכון ודרום אפריקה. אַפְרִיקָה. מעבדת ג'יי. תרופה. 9 (1), 1-8 (2020).
המכון האתיופי לבריאות הציבור, משרד הבריאות הפדרלי. אסטרטגיה לאומית ביניים והנחיות לאבחון מעבדה של COVID-19. https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/ephi_pheoc_covid-19_laboratory_diagnosis_eng.pdf (גישה 12 באוגוסט 2020) (אפי, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, כבדיקות שליליות כוזבות לאתגרים והשלכות של זיהום SARS-COV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, כבדיקות שליליות כוזבות לאתגרים והשלכות של זיהום SARS-COV-2.Voloshin S., Patel N. ו- Kesselheim כבדיקות שליליות כוזבות לזיהומים של SARS-COV-2 והשלכותיהם.Voloshin S., Patel N. ו- Kesselheim כבדיקות שליליות כוזבות לפרובוקציה וההשפעה של זיהום SARS-COV-2. נ 'אנג. ג'יי רפואה. 383 (6), E38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI מקרי Covid-19 חיוביים כוזבים ושקריים שליליים: אסטרטגיות למניעת נשימה וניהול, חיסון ונקודות מבט נוספות. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI מקרי Covid-19 חיוביים כוזבים ושקריים שליליים: אסטרטגיות למניעת נשימה וניהול, חיסון ונקודות מבט נוספות. Mouliou, ds & gourgoulianis, ki ложнополежелелные и ложнотрицателные чаи covid-19: риmаоnоо ч ч בעולם: вацинация и далнейшие персекиы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI מקרים שליליים חיוביים ושקריים של KI של COVID-19: אסטרטגיות למניעת נשימה וטיפול, חיסון והדרך קדימה.Muliu, DS ו- Gurgulianis, KI מקרים חיוביים כוזבים ושקריים שליליים של COVID-19: אסטרטגיות למניעה וטיפול בדרכי הנשימה, החיסון והדרך קדימה. המומחה הכומר נשימה. תרופה. 15 (8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 אבחון במחלקת החירום: רואים את העץ אך מאבד את היער. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. Covid-19 אבחון במחלקת החירום: רואים את העץ אך מאבד את היער.Mouliou, DS, Ioannis, P. ו- Konstantinos, G. Covid-19 אבחון במחלקת החירום: ראו את העץ, מאבד את היער.Muliou DS, Ioannis P., ו- Konstantinos G. Covid-19 אבחון בחדרי מיון: לא מספיק יער לעצים. לְהוֹפִיעַ. תרופה. J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
DeGli-Angeli, E. et al. אימות ואימות של הביצועים האנליטיים והקליניים של ABBOTT בזמן אמת SARS-COV-2. ג. קליני. נגיף. 129, 104474. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Meneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. השוואה של חמש קבוצות פריימר מאזור גנום שונה של COVID-19 לגילוי זיהום בנגיף על ידי RT-PCR קונבנציונאלי. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Meneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. השוואה בין חמישה קבוצות פריימר מאזורי גנום שונים של Covid-19 לגילוי זיהום וירוסים על ידי RT-PCR קונבנציונאלי.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Meneestanaki, D., Fazlalipour, M. and Aflatunyan, B. השוואה בין חמש קבוצות של פריימרים מאזורים שונים בגנום Covid-19 לגילוי זיהום ויראלי על ידי RT-PCR קונבנציונאלי. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Meyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较来自 Covid-19 不同基因组区域的五个引物组 ， 用于通过常规 rt-pcr 检测病毒感染。 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Meneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. השוואה בין 5 אזורים גנטיים שונים של Covid-19 לגילוי זיהום נגיפי על ידי RT-PCR קונבנציונאלי.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Meanyestanaki D, Fazlalipour M. ו- Aflatunyan B. השוואה בין חמש קבוצות של פריימרים מאזורים שונים בגנום COVID-19 לגילוי זיהום נגיפי על ידי RT-PCR קונבנציונאלי.איראן. ג'יי מיקרוביולוגיה. 12 (3), 185 (2020).
Goertzer, I. et al. תוצאות ראשוניות של תוכנית הערכת האיכות החיצונית הלאומית לגילוי רצפי גנום SARS-COV-2. ג. קליני. נגיף. 129, 104537. Https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al. הערכה אנליטית של יעילותם של חמש ערכות RT-PCR לתסמונת נשימה חריפה חמורה Coronavirus 2. J. Clinical. מַעבָּדָה. פִּי הַטַבַּעַת. 35 (1), E23643 (2021).
Wang B. et al. הערכה של שבע ערכות גילוי RNA של SARS-COV-2 זמינות מסחרית בסין על בסיס תגובת שרשרת פולימראז בזמן אמת (PCR). קליני. כִּימִי. מַעבָּדָה. תרופה. 58 (9), E149 - E153 (2020).
ואן קסטרן, PB et al. השוואה בין שבעה ערכות אבחון RT-PCR COVID-19 מסחריות. ג. קליני. נגיף. 128, 104412 (2020).
Lu, Yu, et al. השוואה בין ביצועי אבחון של שתי ערכות PCR לגילוי חומצות גרעין SARS-COV-2. ג. קליני. מַעבָּדָה. פִּי הַטַבַּעַת. 34 (10), E23554 (2020).
LEFART, יחסי ציבור וכו '. מחקר השוואתי של ארבע פלטפורמות SARS-COV-2 של חומצות גרעין בדיקות הגברה (NAAT) הראה כי ביצועי ה- ID כעת מושפלים באופן משמעותי תלוי בסוג המטופל והמדגם. אִבחוּן. מִיקרוֹבִּיוֹלוֹגִיָה. לְהַדבִּיק. diss. 99 (1), 115200 (2021).
מולקולת אבוט. תוספת חבילת ניתוח SARS-COV-2 בזמן אמת SARS-COV-2. https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/realtime-sars-cov-2-assay. 1-12. (נכון ל -10 באוגוסט 2020) (2020).
קליין, ש. ואח '. SARS-COV-2 בידוד RNA באמצעות חרוזים מגנטיים לגילוי מהיר בקנה מידה גדול על ידי RT-QPCR ו- RT-LAMP. וירוס 12 (8), 863 (2020).