ביצוע של ארבעה מבחני הגברה של חומצות גרעין לזיהוי SARS-CoV-2 באתיופיה

תודה שביקרת ב-Nature.com.אתה משתמש בגרסת דפדפן עם תמיכת CSS מוגבלת.לקבלת החוויה הטובה ביותר, אנו ממליצים להשתמש בדפדפן מעודכן (או להשבית את מצב תאימות ב-Internet Explorer).בנוסף, כדי להבטיח תמיכה שוטפת, אנו מציגים את האתר ללא סגנונות ו-JavaScript.
מציג קרוסלה של שלוש שקופיות בבת אחת.השתמש בלחצנים 'הקודם' וה'הבא' כדי לעבור בין שלוש שקופיות בכל פעם, או השתמש בלחצני המחוון שבקצה כדי לעבור בין שלוש שקופיות בכל פעם.
מאז התפרצות מחלת נגיף הקורונה (COVID-19) ב-2019, פותחו ברחבי העולם מבחני הגברה מסחריים רבים של חומצת גרעין (NAAT) והפכו למבחנים סטנדרטיים.למרות שמספר בדיקות פותחו במהירות ויושלו על בדיקות אבחון מעבדתיות, הביצועים של בדיקות אלו לא הוערכו במגוון הגדרות.לכן, מחקר זה נועד להעריך את הביצועים של מבחני Abbott SARS-CoV-2, Daan Gene, BGI ו-Sansure Biotech תוך שימוש ב-Composite Reference Standard (CRS).המחקר נערך במכון לבריאות הציבור האתיופי (EPHI) בין ה-1 ל-30 בדצמבר 2020. 164 דגימות אף-לוע חולצו באמצעות ערכת המיני QIAamp RNA ומערכת הכנת דגימות ה-DNA של Abbott.מתוך 164 דגימות, 59.1% היו חיוביים ו-40.9% היו שליליים ל-CRS. החיוביות של Sansure Biotech הייתה נמוכה משמעותית בהשוואה ל-CRS (p < 0.05). החיוביות של Sansure Biotech הייתה נמוכה משמעותית בהשוואה ל-CRS (p < 0.05). Положительные результаты Sansure Biotech были значительно ниже по сравнению с CRS (p < 0,05). התוצאות החיוביות של Sansure Biotech היו נמוכות משמעותית בהשוואה ל-CRS (p<0.05).与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）.与CRS 相比，Sansure Biotech 的阳性率显着较低（p < 0.05）. У Sansure Biotech было значительно меньше положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). ל-Sansure Biotech היו פחות תוצאות חיוביות משמעותית בהשוואה ל-CRS (p<0.05).ההסכמה הכוללת של ארבעת הניתוחים הייתה 96.3-100% בהשוואה ל-CRS.בנוסף לשיעור החיוביות הנמוך של מבחן Sansure Biotech, הביצועים של ארבעת המבחנים היו כמעט ברי השוואה.ככזה, מבחן Sansure Biotech [Research Only (RUO)] דורש אימות נוסף לשימוש בו באתיופיה.לבסוף, יש לשקול מחקר נוסף כדי להעריך מבחני עם טענות היצרן המתאימות.
בדיקות מעבדה הן חלק מהתוכנית האסטרטגית של ארגון הבריאות העולמי (WHO) למוכנות ותגובה (SPRP) למחלת נגיף הקורונה 2019 (COVID-19).ארגון הבריאות העולמי מייעץ שמדינות צריכות לבנות יכולת מעבדה כדי לשפר את המוכנות, ניהול תיקים נכון, ערנות ותגובה מהירה לאתגרי בריאות הציבור.זה מצביע על כך שתפקיד המעבדה הוא המפתח לאפיון המחלה והאפידמיולוגיה של גורמים זיהומיים מתעוררים ושליטה בהתפשטותם.
האבחנה של COVID-19 דורשת מידע אפידמיולוגי ורפואי, תסמינים/סימנים אישיים ונתוני רנטגן ומעבדה2.מאז דווח על התפרצות ה-COVID-19 בווהאן, סין, פותחו בדיקות רבות של הגברה של חומצות גרעין (NAAT) ברחבי העולם.תגובת שרשרת פולימראז (rRT-PCR) בזמן אמת שימשה כשיטה שגרתית וסטנדרטית לאבחון מעבדתי של זיהום חמור של תסמונת נשימה חריפה 2 (SARS-CoV-2)3.זיהוי מולקולרי של SARS-CoV-2 מבוסס בדרך כלל על הגנים N (גן חלבון נוקלאוקפסיד), E (גן חלבון המעטפת) ו-RdRp (גן RNA פולימראז תלוי RNA) ב-ORF1a/b (מסגרת קריאה פתוחה 1a/b) .גן) אזור שזוהה מהגנום הנגיפי.הם נחשבים לאזורים המשומרים העיקריים המצויים בגנום הנגיפי לזיהוי וירוסים4.בין הגנים הללו, לגנים RdRp ו-E יש רגישות זיהוי אנליטית גבוהה, בעוד שלגן N יש רגישות אנליטית נמוכה5.
הביצועים של מבחני PCR עשויים להשתנות בהתאם לגורמים שונים כגון: ריאגנטים למיצוי, ריאגנטים להגברה/זיהוי, שיטת מיצוי, איכות מכונת ה-PCR ומכשירים אחרים.נכון לאפריל 2020, יותר מ-48 מכשירי אבחון שונים מתשע מדינות קיבלו אישור לשימוש חירום (EUA) לאבחון COVID-196.באתיופיה, יותר מ-14 פלטפורמות PCR בזמן אמת משמשות לזיהוי PCR של SARS-CoV-2 ב-26 מוסדות בריאות ציבוריים, כולל ABI 7500, Abbott m2000, Roche 48000 ו-Quant-studio7.בנוסף, קיימות ערכות בדיקת PCR שונות, כגון בדיקת Daan Gene, בדיקת Abbott SARS-CoV-2, בדיקת Sansure Biotech ובדיקת SARS-CoV-2 BGI.למרות ש-rRT-PCR הוא רגיש מאוד, חלק מהחולים עם COVID-19 מדווחים על תוצאות שליליות שגויות עקב עותקים לא מספקים של חומצה ריבונוקלאית ויראלית (RNA) בדגימות עקב איסוף, הובלה, אחסון וטיפול לא נאותים, ובדיקות מעבדה.תנאים ופעולות של הצוות8.בנוסף, טיפול שגוי בדגימה או בקרה, הגדרת סף מחזור (Ct) ותגובתיות צולבת עם חומצות גרעין פתוגניות אחרות או RNA לא פעיל/שארית של SARS-CoV-2 יכולים להוביל לתוצאות חיוביות שגויות במבחני rRT-PCR9.לפיכך, ברור שבדיקות PCR אכן יכולות לזהות נשאים של שברי גנים, שכן הם לא יכולים אפילו להבחין בין גנים ויראליים פעילים באמת, ולכן הבדיקות יכולות לזהות רק נשאים ולא חולים10.לכן, חשוב להעריך את ביצועי האבחון באמצעות שיטות סטנדרטיות בסביבה שלנו.למרות ריאגנטים רבים של NAAT זמינים במכון לבריאות הציבור האתיופי (EPHI) ובכל רחבי הארץ, טרם דווחה הערכה השוואתית של יעילותם.לכן, מחקר זה נועד להעריך את הביצועים ההשוואתיים של ערכות זמינות מסחרית לזיהוי של SARS-CoV-2 על ידי rRT-PCR באמצעות דגימות קליניות.
סך של 164 משתתפים עם חשד ל-COVID-19 נכללו במחקר זה.רוב הדגימות היו ממרכזי טיפול (118/164 = 72%), בעוד ש-46 המשתתפים הנותרים (28%) היו ממרכזים שאינם טיפוליים.מבין המשתתפים שלא טופלו במרכז, ל-15 (9.1%) היו מקרים חשודים קלינית ול-31 (18.9%) היו אנשי קשר של מקרים מאושרים.93 (56.7%) משתתפים היו גברים, והגיל הממוצע (± SD) של המשתתפים היה 31.10 (± 11.82) שנים.
במחקר זה נקבעו שיעורים חיוביים ושליליים של ארבע בדיקות ל-COVID-19.לפיכך, השיעורים החיוביים של בדיקת Abbott SARS-CoV-2, Assay Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI ו-Sansure Biotech 2019-nCoV היו 59.1%, 58.5%, 57.9% ו-55.5% בהתאמה .הציונים החיוביים והשליליים של תקן התייחסות מורכב (CRS) היו 97 (59.1%) ו-67 (40.9%), בהתאמה (טבלה 1).במחקר זה, ההגדרה של CRS התבססה על הכלל "כל חיובי", לפיו מתוך ארבע תוצאות בדיקה, שתי תוצאות או יותר בדיקות שנתנו את אותה תוצאה נחשבו חיוביות או שליליות אמיתיות.
במחקר זה, מצאנו הסכם שלילי באחוזים (NPA) של 100% (95% CI 94.6-100) עבור כל הניתוחים בהשוואה ל-CRS.ניתוח Sansure Biotechnology הראה PPA מינימלי של 93.8% (95% CI 87.2-97.1) ולניתוח Daan Gene 2019-nCoV הייתה הסכמה כוללת של 99.4% (95% CI 96.6-99.9).לעומת זאת, ההסכמה הכוללת בין בדיקת SARS-CoV-2 BGI למבחן Sansure Biotech 2019-nCoV הייתה 98.8% ו-96.3%, בהתאמה (טבלה 2).
מקדם ההסכמה קאפה של כהן בין תוצאות בדיקת CRS ו- Abbott SARS-CoV-2 היה עקבי לחלוטין (K = 1.00).באופן דומה, ערכי ה-kappa של כהן שזוהו על ידי Daan Gene 2019-nCoV, SARS-CoV-2 BGI ו-Sansure Biotech 2019-nCoV גם הם עקביים לחלוטין עם CRS (K ≥ 0.925).בניתוח השוואתי זה, בדיקת הצ'י ריבוע (מבחן מקנמאר) הראתה שתוצאות בדיקת Sansure Biotech 2019-nCoV היו שונות באופן משמעותי מתוצאות ה-CRS (p=0.031) (טבלה 2).
כפי שמוצג באיור.1 האחוז של ערך ה-Ct הנמוך ביותר (< 20 Ct) של בדיקת Abbott SARS-CoV-2 (הגן המשולב RdRp ו-N) היה 87.6% וערך ה-Ct של הגן ORF1a/b של מבחן Sansure Biotech 2019-nCoV הראה שאחוז הנמוך ערך Ct (<20 Ct) היה 50.3% וערך Ct הגבוה (36-40 Ct) היה 3.2%. 1 האחוז של ערך ה-Ct הנמוך ביותר (< 20 Ct) של בדיקת Abbott SARS-CoV-2 (הגן המשולב RdRp ו-N) היה 87.6% וערך ה-Ct של הגן ORF1a/b של מבחן Sansure Biotech 2019-nCoV הראה שאחוז הנמוך ערך Ct (<20 Ct) היה 50.3% וערך Ct הגבוה (36-40 Ct) היה 3.2%.כפי שמוצג באיור.1, процент наименьшего значения Ct (< 20 Ct) анализа Abbott SARS-CoV-2 (комбинированный ген RdRp и N) составил 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b анализа Sansure Biotech 2019-nCoV показало что процент низкого значения Ct (< 20 Ct) составлял 50.3%, а высокое значение Ct (36–40 Ct) составляло 3.2%. 1, אחוז הניתוח הנמוך ביותר של ערך Ct (< 20 Ct) של Abbott SARS-CoV-2 (הגן המשולב RdRp ו-N) היה 87.6%, וערך ה-Ct של ניתוח הגנים ORF1a/b של Sansure Biotech 2019-nCoV שאחוז ערך Ct הנמוך (< 20 Ct) היווה 50.3%, וערך Ct גבוה (36–40 Ct) היווה 3.2%.如 图 1 所 示 ， ABBOTT SARS-COV-2 检测 （结合 RDRP 和 N 基因）） 的 最 低 CT 值 百分比 כהו值(< 20 Ct) 的百分比为50.3%，高Ct 值(36–40 Ct) 的百分比为3.2%。 כפי שמוצג באיור 1, האחוז הנמוך ביותר של ערך Ct (<20 Ct) של בדיקת Abbott SARS-CoV-2 (שילוב של גן RdRp ו-N) הוא 87.6%, ערך Ct של הגן ORF1a/b של בדיקת Sansure Biotech 2019-nCoV מציג Ct值(< 20 Ct) נמוך אחוז 的 הוא 50.3%, 高Ct 值(36-40 Ct) אחוז 的 הוא 3.2%. Как показано на рисунке 1, анализ Abbott SARS-CoV-2 (сочетающий гены RdRp и N) имел самое низкое процентное значение Ct (< 20 Ct) в размере 87,6%, а значение Ct гена ORF1a/b в исследовании Sansure Biotech 2019 - Анализ nCoV показал низкий Ct. כפי שמוצג באיור 1, לבדיקת Abbott SARS-CoV-2 (המשלבת את הגנים RdRp ו-N) היה ערך ה-Ct האחוז הנמוך ביותר (<20 Ct) ב-87.6%, בעוד שערך ה-Ct של הגן ORF1a/b ב-Sansure מחקר ביוטק 2019 - הניתוח של nCoV הראה Ct נמוך. קצב ממוצע (< 20 קראט) עלה ל-50.3%, ממוצע של 36-40 קראט (36-40 קראט) ממוצע של 3.2%. אחוז הערכים (<20 Ct) היה 50.3%, ואחוז ערכי ה-Ct הגבוהים (36-40 Ct) היה 3.2%.בדיקת Abbott SARS-CoV-2 B רשמה ערכי Ct מעל 30. מצד שני, במבחן BGI SARS-CoV-2 לגן ORF1a/b היה ערך Ct גבוה (> 36 Ct) אחוז 4% (איור 1). מצד שני, במבחן BGI SARS-CoV-2 לגן ORF1a/b היה ערך Ct גבוה (> 36 Ct) אחוז 4% (איור 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 ген ORF1a/b имел высокое значение Ct (> 36 Ct), процент которого соста%ля (рисокое значение). מצד שני, בניתוח של הגן BGI SARS-CoV-2 ל-ORF1a/b היה ערך Ct גבוה (> 36 Ct), שאחוזו היה 4% (איור 1).另一方面，在BGI SARS-CoV-2 检测中，ORF1a/b 基因具有高Ct 值（> 36 Ct）的百分毼为分毼为 מצד שני, בזיהוי BGI SARS-CoV-2, אחוז הגן ORF1a/b עם ערך Ct גבוה (>36 Ct) הוא 4% (איור 1). С другой стороны, в анализе BGI SARS-CoV-2 процент генов ORF1a/b с высокими значениями Ct (>36 Ct) составил 41% (рис.). מצד שני, בניתוח BGI SARS-CoV-2, אחוז הגנים של ORF1a/b עם ערכי Ct גבוהים (>36 Ct) היה 4% (איור 1).
במחקר זה לקחנו 164 דגימות אף-לוע.עבור כל סוגי המבחנים, בידוד והגברה של RNA בוצעו באמצעות השיטות והערכות המומלצות על ידי היצרנים המתאימים.
מחקר זה הוכיח שלבדיקת אבוט ל-SARS-CoV-2 יש ביצועי זיהוי זהים ל-CRS, עם 100% התאמה חיובית, שלילית וסך הכל.הסכם הקאפה של כהן הוא 1.00, המעיד על הסכמה מלאה עם CRS.מחקר דומה של אוניברסיטת וושינגטון בארה"ב מצא כי הרגישות והספציפיות הכוללת של בדיקת אבוט ל-SARS-CoV-2 הייתה 93% ו-100%, בהתאמה, בהשוואה למבחן שנקבע במעבדה (LDA) של ה-CDC .11. מערכת הזיהוי של Abbott SARS-CoV-2 מבוססת על זיהוי משולב בו-זמני של הגנים N ו-RdRp, מכיוון ששני הגנים רגישים יותר, וממזערים שליליות שגויות12.מחקר בווינה, אוסטריה הראה גם שנפחי דגימות מיצוי גדולים ונפחי חומרי זיהוי גדולים ממזערים את השפעות הדילול והגדילו את יעילות הגילוי13.לפיכך, ההתאמה המושלמת של אבוט למבחן SARS-CoV-2 יכולה להיות קשורה למערכת זיהוי פלטפורמה המזהה בו-זמנית גנים קומבינטוריים, מחלצת מספר רב של דגימות (0.5 מ"ל) ומשתמשת בכמות גדולה של נוזל (40 µl).
התוצאות שלנו גם הראו שביצועי הגילוי של הבדיקה הגנטית Daan היו כמעט זהים לזה של CRS.זה עולה בקנה אחד עם מחקר14 שנערך באוניברסיטת Anhui בהואינאן, סין, ולטענת היצרן בדבר הסכמה חיובית של 100%.למרות דיווחים על תוצאות עקביות, דגימה אחת הייתה שלילית כוזבת לאחר בדיקה חוזרת של אותו eluate, אך הייתה חיובית במבחני Abbott SARS-CoV-2 ו- Sansure Biotech nCoV-2019.זה מצביע על כך שעשויה להיות שונות בתוצאות על פני סוגים שונים של מבחני. עם זאת, במחקר שנערך בסין15, התוצאה של בדיקת Daan Gene הייתה שונה משמעותית (p < 0.05) בהשוואה למבחן ההתייחסות שהוגדר במעבדה. עם זאת, במחקר שנערך בסין15, התוצאה של בדיקת Daan Gene הייתה שונה משמעותית (p < 0.05) בהשוואה למבחן ההתייחסות שהוגדר במעבדה. נקודה לא מינעה, בנקאית, תכנית בקטנה 15, רשומה רגילה Daan Gene הושגה חצי שנה (עמ' < 0,05) עם זאת, במחקר שנערך בסין15, תוצאת הניתוח של Daan Gene הייתה שונה משמעותית (p < 0.05) מניתוח ההתייחסות במעבדה שלהם.然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的叁然而，在中国进行的研究中15，大安基因检测的结果与其实验室定义的参 <0. אופציה לגיוס, תכנית בקטנה 15, רפואה שלמה מחקרית על מנת לקדם את התכנית (p < 0,2005). עם זאת, במחקר שנערך בסין15, תוצאות הבדיקה הגנטית של דאן היו שונות באופן מובהק (p<0.05) בהשוואה לבדיקת מעבדת הייחוס שלו.אי התאמה זו עשויה לנבוע מהרגישות של בדיקת ההתייחסות לגילוי SARS-CoV-2, ומחקרים נוספים עשויים להיות חשובים כדי לקבוע את הסיבה.
בנוסף, המחקר שלנו העריך את הביצועים ההשוואתיים של בדיקת SARS-CoV-2 BGI עם CRS, והראה הסכמה חיובית באחוזים (PPA = 97.9%), הסכמה באחוזים שלילית (NPA = 100%) והסכמה כוללת באחוזים לפי מגדר ( OPA).).= 98.8%).ערכי קאפה של כהן הראו הסכמה טובה (K = 0.975).מחקרים בהולנד16 ובסין15 הראו תוצאות עקביות.בדיקת SARS-CoV-2 BGI היא בדיקת זיהוי גן בודד (ORF1a/b) תוך שימוש בפליטת הגברה/זיהוי של 10 μl.למרות הסכמה סטטיסטית טובה עם תוצאות ההתייחסות שלנו, הניתוח החמיץ שתי דגימות חיוביות (1.22%) מסך המדגם.יכולות להיות לכך השלכות קליניות עצומות על דינמיקת ההעברה הן ברמת המטופל והן ברמת הקהילה.
ניתוח השוואתי נוסף שנכלל במחקר זה היה מבחן Sansure Biotech nCoV-2019 rRT-PCR (RUO);אחוז ההתאמה הכללי היה 96.3%.חוזק ההסכמה נקבע גם על ידי ערך קאפה של כהן, שהיה 0.925, המצביע על הסכמה מלאה עם ה-CRS.שוב, התוצאות שלנו זהות למחקרים שנערכו באוניברסיטת סנטרל דרום בצ'אנגשה, סין, ובמחלקת המעבדה הקלינית של בית החולים העממי Liuzhou, Liuzhou City, China17. למרות שהקונקורדנציה הסטטיסטית הטובה לעיל נרשמה, בדיקת הצ'י ריבוע (בדיקת מקנמאר) הראתה שלתוצאת מבחן Sansure Biotech היה הבדל מובהק סטטיסטית בהשוואה ל-CRS (p < 0.005). למרות שהקונקורדנציה הסטטיסטית הטובה לעיל נרשמה, בדיקת הצ'י ריבוע (בדיקת מקנמאר) הראתה שלתוצאת מבחן Sansure Biotech היה הבדל מובהק סטטיסטית בהשוואה ל-CRS (p < 0.005). Несмотря на то, что было зафиксировано указанное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал, что результат анализа Sansure Biotech имеет статистически значимое различие по сравнению с CRS (p < 0,005). למרות שההסכמה הסטטיסטית הטובה למעלה נרשמה, בדיקת הצ'י ריבוע (מבחן מקנמאר) הראתה שלתוצאת מבחן Sansure Biotech יש הבדל מובהק סטטיסטית בהשוואה ל-CRS (p<0.005).尽管 记录 了 上述 良好 的 统计 一致性 ， ， 但 检验 检验 （macnemar 检验）） 表明 ， Sansure Biotech 检测 的 结果 与 crs 相比 具有 统计学 显着 （（p <0.005）。。。。。 显着 差异 差异 差异 差异 差异 差异 显着 显着 显着 显着 （尽管 记录 了 上述 良好 统计 一致 性 ， 但 检验 （（macnemar 检验 表明 ， ， Sansure biotech 检测 结果 与 crs 相比 具有 显着 （≠ p <0.005 。。。。。。。。。。。。。。。。 。。）)) Несмотря на отмеченное выше хорошее статистическое соответствие, критерий хи-квадрат (критерий Макнемара) показал статистически значимую разницу (p < 0,005) между анализом Sansure Biotech и CRS. למרות ההסכמה הסטטיסטית הטובה שצוינה לעיל, בדיקת הצ'י ריבוע (מבחן מקנמר) הראתה הבדל מובהק סטטיסטית (p<0.005) בין מבחן Sansure Biotech לבין ה-CRS.שש דגימות (3.66%) נמצאו שליליות שגויות בהשוואה ל-CRS (טבלה משלימה 1);זה חשוב מאוד, במיוחד לאור הדינמיקה של העברת הנגיף.הנתונים לעיל תומכים גם בשיעור זיהוי נמוך זה15.
במחקר זה, ערכי Ct נקבעו עבור כל בדיקה ופלטפורמה בהתאמה, כאשר ערך ה-Ct הממוצע הנמוך ביותר דווח בבדיקת Abbott SARS-CoV-2.תוצאה זו עשויה להיות קשורה למערכת הבדיקה הגנטית המשולבת בו-זמנית של אבוט לזיהוי SARS-CoV-2.לכן, לפי איור 1, ל-87.6% מהתוצאות של Abbott SARS-CoV-2 היו ערכי Ct מתחת ל-20. רק מספר קטן של תוצאות מדגם (12.4%) היו בטווח של 20-30.ערכי Ct מעל 30 לא נרשמו.בנוסף לשימוש של אבוט בפורמט הבדיקות הגנטיות של הפאנל SARS-CoV-2, ייתכן שתוצאה זו קשורה לגבול הזיהוי התחתון (32.5 עותקי RNA/מ"ל)18, הנמוך פי שלושה מהגבול התחתון של 100 עותקי RNA של החברה. /מ"ל.ml)19.
למחקר הזה יש כמה מגבלות: ראשית, אין לנו שיטות סטנדרטיות/התייחסות [כגון עומס ויראלי או בדיקות מעבדה אחרות (LDA)] עקב מחסור במשאבים.שנית, כל הדגימות ששימשו במחקר זה היו משטחי אף-לוע, בעוד שהתוצאות לא היו ישימות לסוגי דגימות אחרים, ושלישית, גודל המדגם שלנו היה קטן.
מחקר זה השווה את הביצועים של ארבעה מבחני rRT-PCR עבור SARS-CoV-2 באמצעות דגימות אף.לכל מבחני הזיהוי היו ביצועים כמעט דומים, למעט מבחן Sansure Biotech. חוץ מזה, שיעור החיוביות הנמוך זוהה במבחן Sansure Biotech בהשוואה ל-CRS (p<0.05). חוץ מזה, שיעור החיוביות הנמוך זוהה במבחן Sansure Biotech בהשוואה ל-CRS (p<0.05). Кроме того, в тесте Sansure Biotech был выявлен низкий процент положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). בנוסף, בדיקת Sansure Biotech הראתה אחוז נמוך של תוצאות חיוביות בהשוואה ל-CRS (p<0.05).此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。此外，与CRS 相比，Sansure Biotech 检测的阳性率较低(p < 0.05)。 Кроме того, анализ Sansure Biotech имел более низкий уровень положительных результатов по сравнению с CRS (p < 0,05). בנוסף, למבחן Sansure Biotech היה שיעור חיוביות נמוך יותר בהשוואה ל-CRS (p<0.05).ניתוח Sansure Biotech nCoV-2019 (RUO) של PPA, NPA והסכם כולל עלה על 93.5% עם חוזק כהן קאפה של ערך ההסכם של 0.925.לבסוף, Sansure Biotech Assay (RUO) זקוק לאימות נוסף לשימוש באתיופיה, ויש לשקול מחקר נוסף כדי להעריך טענות של יצרנים בודדים.
תכנון מחקר השוואתי נערך בארבעה מתקני בריאות באדיס אבבה, בית החולים אקה קוטבה, מרכז הטיפול בכנסיית המילניום, בית החולים זוודיטו ממוריאל, ובית החולים למומחה שחפת של פטרוס הקדוש.הנתונים נאספו בין ה-1 ל-31 בדצמבר 2020. המתקנים הרפואיים למחקר זה נבחרו באופן מכוון על סמך מספר המקרים הגבוה שלהם וזמינות מרכזי הטיפול הגדולים בעיר.באופן דומה, מכשירים, כולל מכשירי ה-ABI 7500 ו-Abot m2000 בזמן אמת PCR, נבחרו בהתאם להמלצות של יצרני ריאגנטים NAAT, וארבע ערכות זיהוי PCR נבחרו למחקר זה, שכן רוב המעבדות באתיופיה השתמשו לפחות ארבע מהם.בדיקת גנים, בדיקת Abbott SARS-CoV-2, בדיקת Sansure Biotech ובדיקת SARS-CoV-2 BGI שבוצעה במהלך המחקר).
הבדיקה ל-SARS-CoV-2 בוצעה בין ה-1 ל-30 בדצמבר 2020 באמצעות 3 מ"ל של מדיום הובלה ויראלי (VTM) (Miraclean Technology, שנזן, סין) מאנשים שנבדקו בגין COVID-19 שהופנו ל-EPHI.דגימות אף-לוע נאספו על ידי אוספי דגימות מיומנים ונשלחו ל-EPHI באריזות משולשות.לפני בידוד חומצת גרעין, לכל דגימה מוקצה מספר זיהוי ייחודי.מיצוי מתבצע מכל דגימה מיד עם ההגעה בשיטות מיצוי ידניות ואוטומטיות.לפיכך, עבור מיצוי אוטומטי של Abbott m2000, 1.3 מ"ל (כולל 0.8 מ"ל נפח מת ונפח כניסת מיצוי של 0.5 מ"ל) של הדגימה חולצו מכל דגימה והועברה דרך מערכת Abbott DNA Sample Preparation (Abbott Molecular Inc. des Plaines, IL, ארה"ב).אצווה של 96 [92 דגימות, שתי בקרות זיהוי ושתי בקרות שאינן תבניתיות (NTC)] נכללה בתהליך הכולל (שליפה וגילוי) של שני סבבים של SARS-CoV-2 (EUA) בזמן אמת.כְּרִיָה.באופן דומה, לחילוץ ידני, השתמש באותן דוגמאות (לחילוץ וגילוי אוטומטיים).לפיכך, לאורך התהליך, דגימות של 140 μl חולצו במנות וחולצו באמצעות QIAamp ויראלי RNA Mini Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, גרמניה) בקבוצות של 24 (כולל 20 דגימות, שתי בקרות בדיקה ושני NTCs) במשך תשעה סבבים.eluates שחולצו באופן ידני הוגברו וזוהו באמצעות מחזור תרמי ABI 7500 תוך שימוש ב-SARS-CoV-2 BGI, Assay Daan Gene, ו-Sansure Biotech.
בידוד וטיהור אוטומטיים של RNA ויראלי SARS-CoV-2 עוקבים אחר עקרון החרוזים המגנטיים באמצעות ריאגנטים להכנת דגימות DNA של Abbott.השבתת דגימות והמסה של חלקיקים ויראליים מתבצעת באמצעות חומר ניקוי המכיל גואנידין איזותיוציאנט כדי לדנטורציה של החלבון ולנטרל RNase.לאחר מכן ה-RNA מופרד מהחלבון על ידי הפרדת פאזות מוצקות באמצעות סיליקה, כלומר מלח הגואנידיום וה-pH האלקליני של חיץ התמוגה מעודדים את הקישור של חומצות הגרעין לסיליקה (SiO2).שלב השטיפה מסיר את שאריות החלבונים והפסולת כדי לייצר תמיסה שקופה.RNA שקוף מבודד ממיקרו-חלקיקים מבוססי סיליקה באמצעות השדה המגנטי של המכשיר20,21.מצד שני, בידוד ידני וטיהור של RNA מתבצע בשיטת עמודת ספין באמצעות צנטריפוגה במקום מעמד מגנטי והפרדה של מיקרו-חלקיקים מהמפלט.
מבחן הזיהוי SARS-CoV-2 של Abbott בזמן אמת (Abbott Molecular, Inc.) בוצע על פי הוראות היצרן, שקיבלו EUA19,22 מה-WHO וה-FDA.בפרוטוקול זה, נטרול מדגם לפני מיצוי בוצע באמבט מים ב-56 מעלות צלזיוס למשך 30 דקות.לאחר השבתת הנגיף, מיצוי חומצת גרעין בוצעה במכשיר Abbott m2000 SP מ-0.5 מ"ל VTM באמצעות מערכת הכנת דגימות DNA של Abbott m2000.לפי היצרן.הגברה וגילוי בוצעו באמצעות מכשיר Abbott m2000 RT-PCR, ובוצע זיהוי כפול עבור הגנים RdRp ו-N.ROX) ו-VIC P (צבע קנייני) למיקוד וזיהוי של בקרות פנימיות, המאפשרים זיהוי בו-זמני של שני מוצרי ההגברה 19 .
שיטת זיהוי ההגברה של ערכה זו מבוססת על טכנולוגיית RT-PCR חד-שלבית.הגנים ORF1a/b ו-N נבחרו כאזורים משומרים על ידי Daan Gene Technology כדי לזהות הגברה של אזור מטרה.פריימרים ובדיקות פלורסנט ספציפיות (בדיקות גנים N מסומנות ב-FAM, בדיקות ORF1a/b המסומנות ב-VIC) תוכננו לזהות SARS-CoV-2 RNA בדגימות.התערובות הסופית ותערובות המאסטר הוכנו על ידי הוספת 5 µl של eluent ל-20 µl של תערובת המאסטר לנפח סופי של 25 µl.הגברה וזיהוי בוצעו בו זמנית במכשיר ABI 750024 PCR בזמן אמת.
הגנים ORF1a/b ו-N זוהו באמצעות ערכת אבחון חומצת גרעין של Sansure Biotech nCoV-2019 (זיהוי PCR פלואורסצנטי).הכן בדיקות ספציפיות לכל גן מטרה על ידי בחירת ערוץ FAM לאזור ORF1a/b וערוץ ROX עבור הגן N.לערכת בדיקה זו, מתווספים ריאגנטים eluent ו-Master Mix כדלקמן: הכן 30 µl מיקס מאסטר ריאגנט ו-20 µl דגימה שנפלטה לזיהוי/הגברה.זמן אמת PCR ABI 750025 שימש להגברה/זיהוי.
בדיקת SARS-CoV-2 BGI היא ערכת rRT-PCR פלואורסצנטית בזמן אמת לאבחון של COVID-19.אזור המטרה ממוקם באזור ORF1a/b של גנום SARS-CoV-2, שהוא שיטת זיהוי גן יחיד.בנוסף, גן משק הבית האנושי β-אקטין הוא גן מטרה מווסת פנימית.תערובת המאסטר מוכנה על ידי ערבוב של 20 µl מגיב תערובת המאסטר ו-10 µl מדגימת ה-RNA המופקת בצלחת באר26.מכשיר ABI 7500 פלואורסצנטי כמותי בזמן אמת PCR שימש להגברה וזיהוי.כל הגברה של חומצות גרעין, תנאי ריצת PCR עבור כל בדיקה ופירוש התוצאות בוצעו בהתאם להוראות היצרן המתאים (טבלה 3).
בניתוח השוואתי זה, לא השתמשנו בשיטת הייחוס הסטנדרטית כדי לקבוע אחוז הסכמה (חיובי, שלילי וסך הכל) ופרמטרי השוואה אחרים עבור ארבעת הניתוחים.כל השוואת בדיקה נעשתה עם CRS, במחקר זה ה-CRS נקבע על ידי הכלל "כל חיובי" והתוצאה נקבעה, לא על ידי בדיקה אחת, השתמשנו לפחות בשתי תוצאות בדיקה מותאמות.בנוסף, במקרה של העברת COVID-19, תוצאות שליליות כוזבות מסוכנות יותר מתוצאות חיוביות כוזבות.לכן, כדי לומר "חיובי" בצורה מדויקת ככל האפשר מתוצאת CRS, לפחות שתי בדיקות בדיקה חייבות להיות חיוביות, כלומר סביר להניח שלפחות תוצאה חיובית אחת תגיע ממבחן EUA.לפיכך, מתוך ארבע תוצאות בדיקה, שתי תוצאות בדיקה או יותר הנותנות את אותה תוצאה נחשבות חיוביות או שליליות אמיתיות18,27.
הנתונים נאספו באמצעות טפסי חילוץ נתונים מובנים, הזנת נתונים וניתוח בוצעו באמצעות תוכנת סטטיסטית של Excel ו-SPSS גרסה 23.0 לסטטיסטיקה תיאורית.הסכמה חיובית, שלילית ואחוז כללית נותחו, וציון קאפה שימש כדי לקבוע את מידת ההסכמה של כל שיטה עם CRS.ערכי קאפה מתפרשים באופן הבא: 0.01 עד 0.20 להסכמה קלה, 0.21 עד 0.40 להסכמה כללית, 0.41-0.60 להסכמה מתונה, 0.61-0.80 להסכמה עיקרית ו-0.81-0.99 להסכמה מלאה28.
אישור אתי התקבל מאוניברסיטת אדיס אבבה וכל הפרוטוקולים הניסויים למחקר זה אושרו על ידי המועצה לביקורת אתיקה מדעית של המכון לבריאות הציבור האתיופי.מספר האסמכתה עבור רישיון האתיקה של EPHI הוא EPHI/IRB-279-2020.כל השיטות יושמו בהתאם להמלצות ולהוראות של הנחיות אתיופיה הלאומיות המקיפות לטיפול ב-COVID-19.בנוסף, התקבלה הסכמה מדעת בכתב מכל משתתפי המחקר לפני ההשתתפות במחקר.
כל הנתונים שהושגו או נותחו במחקר זה כלולים במאמר שפורסם זה.נתונים התומכים בתוצאות מחקר זה זמינים מהמחבר המתאים לפי בקשה סבירה.
ארגון הבריאות העולמי.המלצות לאסטרטגיות לבדיקת מעבדה עבור COVID-19: הנחיות ביניים, 21 במרץ 2020 מס' WHO/2019-nCoV/lab_testing/2020.1 (WHO, 2020).
Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI אבחון חכם של COVID-19 במחלקת החירום: All-in in Practice. Mouliou, DS, Pantazopoulos, I. & Gourgoulianis, KI אבחון חכם של COVID-19 במחלקת החירום: All-in in Practice.Muliou, DS, Pantazopoulos, I. ו-Gurgulianis, KI אבחון אינטליגנטי של COVID-19 במחלקת המיון: הכל בפועל.Muliou DS, Pantazopoulos I. ו-Gurgulyanis KI אבחון אינטליגנטי של COVID-19 במחלקות מיון: אינטגרציה מקצה לקצה בפועל.הכומר רספייר המומחה.רפואה.3, 263–272 (2022).
Mitchell, SL & St George, K. הערכה של בדיקת COVID19 ID NOW EUA. Mitchell, SL & St George, K. הערכה של בדיקת COVID19 ID NOW EUA.Mitchell, SL וסנט ג'ורג', K. הערכת מבחן COVID19 ID NOW EUA.מיטשל SL ​​וסנט ג'ורג' ק. הערכה של בדיקת COVID19 ID NOW EUA.J. Clinical.נגיף.128, 104429. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104429 (2020).
מי.גילוי מעבדה של מחלת נגיף הקורונה 2019 (COVID-19) בחשד למחלה אנושית.https://www.who.int/publications/i/item/10665-331501 (נגישה ב-15 באוגוסט 2020) (WHO, 2020).
Udugama, B. et al.אבחון COVID-19: מחלות וכלי בדיקה.ACS Nano 14(4), 3822–3835 (2020).
סייד ס' ואח'.הקמת המכללה לפתולוגים של מזרח, מרכז ודרום אפריקה - בית הספר האזורי לפתולוגיה של המזרח התיכון ודרום אפריקה.אַפְרִיקָה.J. Lab.רפואה.9(1), 1-8 (2020).
המכון האתיופי לבריאות הציבור, משרד הבריאות הפדרלי.אסטרטגיה לאומית ביניים והנחיה לאבחון מעבדתי של COVID-19.https://ephi.gov.et/images/novel_coronavirus/EPHI_PHEOC_COVID-19_Laboratory_Diagnosis_Eng.pdf (נגישה ב-12 באוגוסט 2020) (EPHI, 2020).
Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS בדיקות שליליות כוזבות עבור אתגרים והשלכות של זיהום SARS-CoV-2. Woloshin, S., Patel, N. & Kesselheim, AS בדיקות שליליות כוזבות עבור אתגרים והשלכות של זיהום SARS-CoV-2.Voloshin S., Patel N. ו- Kesselheim AS בדיקות שליליות כוזבות לזיהומי SARS-CoV-2 והשלכותיהם.Voloshin S., Patel N. ו- Kesselheim AS בדיקות כוזבות שליליות עבור פרובוקציה והשפעה של זיהום SARS-CoV-2.N. eng.ג'יי רפואה.383(6), e38 (2020).
Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI מקרים חיוביים כוזבים ושליליים כוזבים של COVID-19: אסטרטגיות מניעה וניהול נשימתי, חיסון ונקודות מבט נוספות. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI מקרים חיוביים כוזבים ושליליים כוזבים של COVID-19: אסטרטגיות מניעה וניהול נשימתי, חיסון ונקודות מבט נוספות. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI Ложноположительные и ложноотрицательные случаи COVID-19: респираторная профилактика и стратегии лечения, вакцинация и дальнейшие перспективы. Mouliou, DS & Gourgoulianis, KI מקרים חיוביים ושווא שליליים של COVID-19: אסטרטגיות מניעה וטיפול נשימתי, חיסון והדרך קדימה.Muliu, DS ו-Gurgulianis, KI מקרים חיוביים כוזבים ושליליים כוזבים של COVID-19: אסטרטגיות למניעה וטיפול נשימתי, חיסון והדרך קדימה.הכומר רספייר המומחה.רפואה.15(8), 993–1002 (2021).
Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 אבחון במחלקת החירום: רואים את העץ אבל מאבדים את היער. Mouliou, DS, Ioannis, P. & Konstantinos, G. COVID-19 אבחון במחלקת החירום: רואים את העץ אבל מאבדים את היער.Mouliou, DS, Ioannis, P. and Konstantinos, G. COVID-19 אבחון במחלקת החירום: לראות את העץ, לאבד את היער.Muliou DS, Ioannis P., ו-Konstantinos G. COVID-19 אבחון בחדרי מיון: לא מספיק יער לעצים.לְהוֹפִיעַ.רפואה.J. https://doi.org/10.1136/emermed-2021-212219 (2022).
Degli-Angeli, E. et al.אימות ואימות של הביצועים האנליטיים והקליניים של מבחן SARS-CoV-2 של Abbott RealTime.J. Clinical.נגיף.129, 104474. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104474 (2020).
Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. השוואה של חמש ערכות פריימר מאזור גנום שונה של COVID-19 לזיהוי זיהום בנגיף על ידי RT-PCR קונבנציונלי. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. השוואה של חמש ערכות פריימר מאזורי גנום שונים של COVID-19 לזיהוי זיהום בנגיף על ידי RT-PCR קונבנציונלי.Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. and Aflatunyan, B. השוואה של חמש קבוצות של פריימרים מאזורים שונים של גנום COVID-19 לזיהוי זיהום ויראלי על ידי RT-PCR קונבנציונלי. Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Meneestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. 比较 来自 covid-19 不同 基因 组 区域 的 五 引物组 ， 用 通过 常规 常规 rt-pcr 检测 感染。。。。。。。 感染 感染 感染 感染 感染 感染 感染 感染 感染 感染 感染 感染 病毒 病毒 病毒 病毒 病毒 病毒 病毒 病毒 病毒 病毒 Mollaei, HR, Afshar, AA, Kalantar-Neyestanaki, D., Fazlalipour, M. & Aflatoonian, B. השוואה של 5 אזורים גנטיים שונים של COVID-19 לזיהוי זיהום ויראלי על ידי RT-PCR קונבנציונלי.Mollaei HR, Afshar AA, Kalantar-Neyestanaki D, Fazlalipour M. ו-Aflatunyan B. השוואה של חמש קבוצות של פריימרים מאזורים שונים של גנום COVID-19 לזיהוי זיהום ויראלי על ידי RT-PCR קונבנציונלי.איראן.י. מיקרוביולוגיה.12(3), 185 (2020).
Goerzer, I. et al.תוצאות ראשוניות של תוכנית הערכת האיכות החיצונית הלאומית לזיהוי רצפי גנום SARS-CoV-2.J. Clinical.נגיף.129, 104537. https://doi.org/10.1016/j.jcv.2020.104537 (2020).
Wang, M. et al.הערכה אנליטית של היעילות של חמש ערכות RT-PCR לתסמונת נשימתית חריפה קשה וירוס קורונה 2. J. Clinical.מַעבָּדָה.פִּי הַטַבַּעַת.35(1), e23643 (2021).
Wang B. et al.הערכה של שבע ערכות זיהוי SARS-CoV-2 RNA זמינות מסחרית בסין על בסיס תגובת שרשרת פולימראז בזמן אמת (PCR).קלינית.כִּימִי.מַעבָּדָה.רפואה.58(9), e149–e153 (2020).
van Casteren, PB et al.השוואה של שבע ערכות אבחון מסחריות RT-PCR COVID-19.J. Clinical.נגיף.128, 104412 (2020).
לו, יו ועוד.השוואה בין ביצועי אבחון של שתי ערכות PCR לזיהוי חומצות גרעין SARS-CoV-2.J. Clinical.מַעבָּדָה.פִּי הַטַבַּעַת.34(10), e23554 (2020).
Lefart, PR וכו'. מחקר השוואתי של ארבע פלטפורמות בדיקת הגברה של חומצת גרעין SARS-CoV-2 (NAAT) הראה שביצועי ID NOW ירד משמעותית בהתאם למטופל ולסוג הדגימה.אִבחוּן.מִיקרוֹבִּיוֹלוֹגִיָה.לְהַדבִּיק.דיס.99(1), 115200 (2021).
מולקולת אבוט.תוספת לחבילת ניתוח SARS-CoV-2 בזמן אמת של Abbott.https://www.molecular.abbott/us/en/products/infectious-disease/RealTime-SARS-CoV-2-Assay.1-12.(נכון ל-10 באוגוסט 2020) (2020).
קליין, ש' ואח'.בידוד RNA SARS-CoV-2 באמצעות חרוזים מגנטיים לזיהוי מהיר בקנה מידה גדול על ידי RT-qPCR ו-RT-LAMP.וירוס 12(8), 863 (2020).